I fondi indiretti sono gestiti dagli Stati membri attraverso le amministrazioni centrali e decentrate. Essi si identificano generalmente coi Fondi strutturali le cui risorse sono affidate alle Regioni per eliminare il divario di sviluppo tra le Regioni Europee, promuovere lo sviluppo armonico del territorio e stimolare la coesione economica e sociale. Gli obiettivi che l’Unione europea vuole realizzare sono:
- promuovere lo sviluppo armonico e l’adeguamento strutturale delle regioni che presentano ritardi nello sviluppo;
- favorire la riconversione economica e sociale delle zone con difficoltà strutturale;
- favorire l’adeguamento e l’ammodernamento delle politiche e dei sistemi d’istruzione, formazione e occupazione.

Le regioni, sulla base di una programmazione che deve essere approvata dalla Commissione, ne dispongono l'utilizzo attraverso disposizioni nazionali. I Fondi strutturali si suddividono in:
• il Fondo europeo di sviluppo regionale (FESR), che si prefigge principalmente di promuovere la coesione economica e sociale nell'Unione europea tramite azioni destinate a ridurre le disparità tra regioni o gruppi sociali;
• il Fondo sociale europeo (FSE), il principale strumento finanziario che consente all'Unione di concretizzare gli obiettivi strategici della sua politica per l'occupazione;
• il Fondo europeo agricolo di orientamento e di garanzia (FEAOG, sezione orientamento), che contribuisce alla riforma strutturale dell'agricoltura e allo sviluppo delle zone rurali;
• lo Strumento finanziario di orientamento della pesca (SFOP), fondo specifico per la riforma strutturale del settore della pesca.

Gli obiettivi prioritari dei Fondi Strutturali sono:
- l’obiettivo 1 (Ob. 1): promuove lo sviluppo delle regioni più deboli.
Gli aiuti interessano un vasto numero di regioni (per il 2000-2006 sono 50). Il fine delle azioni finanziate sotto l’obiettivo 1 è di favorire il decollo delle attività economiche dotando le regioni più povere delle infrastrutture che ancora mancano, favorendo così l’afflusso di investimenti e provvedendo alla formazione delle risorse umane.
Grazie all’Ob. 1 la UE sostiene il Mezzogiorno italiano (Basilicata, Calabria, Campania, Molise, Puglia, Sardegna, Sicilia).
- l’obiettivo 2 (Ob. 2): sostiene la riconversione economica e sociale nelle zone con problemi strutturali, come ad esempio, le zone industriali, rurali, urbane o legate alla pesca.
Tra le regioni interessate ci sono: Abruzzo, Emilia Romagna, Friuli Venezia Giulia, Lazio, Liguria, Lombardia, Marche, Piemonte, Toscana, Umbria, Valle d’Aosta, Bolzano e Trento.
- l’obiettivo 3 (Ob. 3): vuole sconfiggere la disoccupazione grazie alla modernizzazione dei sistemi di formazione e l’incremento dell’occupazione.

Inoltre nell’ambito degli stessi Fondi strutturali sono previste quattro iniziative comunitarie, che sovvenzionano progetti a carattere innovativo e di rilievo europeo, gestite direttamente dalla Commissione:
- INTERREG (cfr.www.infrastrutturetrasporti.it/sites/interreg/home.htm), destinata alla cooperazione transfrontaliera, transnazionale e interregionale per uno sviluppo del territorio dell'Unione armonioso ed equilibrato;
- EQUAL, diretta alla cooperazione transnazionale per lottare contro tutte le forme di discriminazione e le ineguaglianze nel mercato del lavoro;
- LEADER finalizzata allo sviluppo rurale;
- URBAN per la rivitalizzazione economica e sociale delle città e delle zone adiacenti in crisi.

Oltre ai Fondi Strutturali, esiste anche il Fondo di Coesione che finanzia i grandi progetti per l’ambiente e i trasporti nei Paesi della UE più deboli.

Gli interventi finanziati dai Fondi Strutturali della UE hanno permesso agli Stati membri di raggiungere la “convergenza” fra le economie degli Stati membri, richieste dall’Unione economica monetaria per adottare la moneta unica (l’Euro).